Desconocemos la fecha exacta de la fundación,hay indicios que apuntan al siglo IX.
En un principio debió ser una ermita, quizá atendida por algún piadoso ermitaño.
Sabemos que tenía un Hospital u Hospedería. La documentación escrita que conservamos pertenece al siglo XV.
En 1646 se inauguró un nuevo Santuario, y en 1870 su espadaña se convirtió en la torre que todavía se conserva.
En el año 1899 se comenzó a construir una gran basílica, cuya cimentación todavía podemos contemplar.
Los años 1914 y 1925 se inauguraron los dos primeros tramos, que, en 1933, fueron consagrados por el obispo, D. Mateo Múgica.
Hubo intentos posteriores de terminar el Santuario, pero por razones varias no pudo ser. La obra quedó inconclusa.
El año 1970 el Obispado de Bilbao encomendó el Santuario a las Misiones Diocesanas Vascas, desde entonces se han responsabilizado del mismo un grupo de ex-misioneros.
Ellos han revitalizado la vida de este popular Santuario y han realizado importantes obras de mejora tanto en el interior como en el exterior del Santurario.
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